Selskabets for teoretisk og anvendt terapi er mest kendt som ”Jakobinerklubben”.

Drivkraften bag selskabets tilblivelse var dets første formand, overlæge, dr. med. Viktor Rubow, der i 1923 havde kastet sig ud i en voldsom polemik mod en flertalsindstilling for Christen Lundsgårds udnævnelse til professor i intern medicin. Mindretallet havde foretrukket Carl Sonne. En strid som åbent kunne følges i Berlingske Tidende og Politiken. Det er muligt at dette har ført til revolutionerende tanker, men intet er dog nedskrevet om, hvordan de 17 stiftende medlemmer fandt sammen, blev Jakobinere og fik den røde Jakobinerhue med kokarde og kvast som den tiltrædende formand efterfølgende måtte finde sig i at blive prydet med ved første møde.

Selskabet er indstiftet d. 2. november 1923 med det formål at fremme interessen for videnskabeligt begrundet terapi. Blandt de stiftende medlemmer var: Viktor Rubow, Ejnar Jarløv, Carl Sonne, Carl Friderichsen, Poul Hertz, Allan Henriques og Richard Ege.

Som medlemmer optages videnskabeligt interesserede læger, fysiologer og andre videnskabsmænd. Selskabet voksede hurtigt i de første år. I 1926 forhøjedes det maksimale medlemstal til 50.

Der er på nuværende tidspunkt 160 medlemmer. Der afholdes fortsat 6 videnskabelige møder årligt i Domus Medica. Jakobinerklubben har hele tiden holdt sig udenfor samfundsdebat og politik i en grad, der har gjort det næsten anonymt, hvorfor selskabet også er blevet kaldt ”den hemmelige klub”.

Jakobinerklubben uddeler årligt den prestigefyldte æresmedalje. Medaljen blev indstiftet i forbindelse med Selskabets 75 års jubilæum i 1998, og bliver uddelt årligt. Medaljen blev dog ikke uddelt i 2005, da der ikke der fandtes en kvalificeret modtager.

Medaljen tildeles yngre danskere (under 40 år på tildelingstidspunktet), der har udført særlig fortjenstfuld og perspektivrig forskning indenfor teoretisk og/eller anvendt biomedicin. Der lægges vægt på at personen efter erhvervelse af doktorgraden (el.lign.) har udviklet en aktiv og selvstændig forskningslinie, og har dokumenteret en vedholdende indsats, der peger mod en fremtid indenfor forskning på fortsat højeste niveau.